NMR-Untersuchungen von strukturellen Motiven: In Proteinfaltung und Ligandenbindung

Die folgenden Kapitel beschreiben NMR-Studien zur Untersuchung der Struktur von zwei häufigen Protein-Strukturmotiven und zur Erklärung der Beziehung zwischen der Erhaltung der Faltungstopologie und der Bindung in der Proteinfunktion. Abschnitt I enthält thermodynamische und strukturelle Mapping-Studien an der C-terminalen globulären G3-Domäne des Laminin-Neurexin-Steroidhormon-bindenden (LNS) "-Sandwich-Faltungsmotiv-Proteins Agrin. Sowohl die MuSK-bindende aktive Isoform als auch die inaktive Isoform, die kein MuSK bindet, werden untersucht. Die inaktive B0-Isoform der G3-Domäne ist das Ergebnis von alternativem Spleißen und hat andere Funktionen, wie z. B. die Bindung von Glykosaminoclykanen, die an der Struktur und Funktion des NMJ beteiligt sind. ITC und HSQC wurden verwendet, um die Bindung der Agrin-G3-Domäne an Sialinsäure-, Heparin- und Heparansulfat-Glykosaminoglykane zu untersuchen. Abschnitt II enthält strukturelle NMR-Studien an SN, dem ternären Komplex pdTp-Ca2+-SN des Proteins, der Trunkierungsmutante SNOB und an denaturierten CspA- und LysN-OB-Fold-Motiv-Proteinen. RDCs wurden verwendet, um die Auswirkungen von Trunkierung, Inhibitor-Bindung und Denaturierung auf die OB-Fold-Proteinausrichtung und die restliche Sekundärstruktur zu vergleichen. Die folgenden Kapitel beschreiben NMR-Studien zur Untersuchung der Struktur von zwei häufigen Protein-Strukturmotiven und zur Erklärung der Beziehung zwischen der Erhaltung der Faltungstopologie und der Bindung in der Proteinfunktion. Abschnitt I enthält thermodynamische und strukturelle Mapping-Studien an der C-terminalen globulären G3-Domäne des Laminin-Neurexin-Steroidhormon-bindenden (LNS) "-Sandwich-Faltungsmotiv-Proteins Agrin. Sowohl die MuSK-bindende aktive Isoform als auch die inaktive Isoform, die kein MuSK bindet, werden untersucht. Die inaktive B0-Isoform der G3-Domäne ist das Ergebnis von alternativem Spleißen und hat andere Funktionen, wie z. B. die Bindung von Glykosaminoclykanen, die an der Struktur und Funktion des NMJ beteiligt sind. ITC und HSQC wurden verwendet, um die Bindung der Agrin-G3-Domäne an Sialinsäure-, Heparin- und Heparansulfat-Glykosaminoglykane zu untersuchen. Abschnitt II enthält strukturelle NMR-Studien an SN, dem ternären Komplex pdTp-Ca2+-SN des Proteins, der Trunkierungsmutante SNOB und an denaturierten CspA- und LysN-OB-Fold-Motiv-Proteinen. RDCs wurden verwendet, um die Auswirkungen von Trunkierung, Inhibitor-Bindung und Denaturierung auf die OB-Fold-Proteinausrichtung und die restliche Sekundärstruktur zu vergleichen.